Początki tworzenia nowej parafii i budowy kościoła sięgają połowy lat 80-tych XX wieku. W związku z rozwojem miasta dokonano podziału istniejącej parafii Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny na dwie odrębne rzymsko katolickie. Granicę miedzy parafiami stanowi rzeka Mień. Nowa parafia terytorialnie obejmuje prawobrzeżną część miasta oraz wsie: Jastrzębie, Okręg, Trzebiegoszcz i Złotopole. Parafię zamieszkuje ok. 7 tys. Parafian.
23 września 1986 r. ks. bp. Jan Zaręba ówczesny Ordynariusz, zlecił ks. Stefanowi Maćczakowi budowę kościoła i parafii w Lipnie. Przy wsparciu parafian wykupiono działkę wraz z budynkiem gospodarczym przy ul. 3 Maja. Budynek gospodarczy szybko przebudowano na tymczasową kaplicę, którą 24 grudnia 1986r. poświęcił ks. bp. Czesław Lewandowski i odprawił w niej pierwszą pasterkę.
12 czerwca 1987 r. na Jasnej Górze w Częstochowie Ojciec Święty Jan Paweł II pobłogosławił kamień węgielny pod budowę nowego kościoła. W tym samym roku ks. bp. Roman Andrzejewski poświęcił zakupiony plac i ruszyły prace budowlane.
Historycznym wydarzeniem, które legło u podstaw powstania nowej parafii był wydany 14 czerwca 1988 r. dekret ks. bp. Henryka Muszyńskiego o erygowaniu parafii pod wezwaniem Bł. Bpa Michała Kozala. W 1989 r. nastąpiło wmurowanie kamienia węgielnego pod budowę nowego kościoła, zaprojektowanego przez architekta Aleksandra Holasę z Poznania. W szybkim tempie ruszyły prace, nad którymi nadzór budowlany sprawowali bezinteresownie: Władysław Cackiewicz i Janusz Blachowski.
14 czerwca 1993 r. ks. bp. Bronisław Dembowski dokonał poświęcenia murów kościoła, a w następnym roku betonowej konstrukcji zwieńczającej całość dachu. W 1996 r. świątynię pokryto dachem, zbudowano wieżę, na której pracownicy lipnowskiego "Konwektora" zamontowali krzyż, wstawiono okna i wykonano wiele prac blacharskich. 1 grudnia tego roku kapłani zaczęli odprawiać Mszę święte.
W 1999 roku zbudowano marmurowy ołtarz i prezbiterium. W 2000 roku kontynuowano prace przy podwieszaniu sufitu, malowaniu ścian, oświetlaniu wnętrza, zakupiono rzeźby Drogi Krzyżowej wykonanej przez miejscowego parafianina, artystę Zdzisława Ostrowskiego.
Na przełomie roku 2002/2003 założono posadzkę marmurową na całej powierzchni kościoła. Wyposażono wnętrze w nowe meble oraz dębowe ławki. Na przełomie roku 2005/2006 zakupiono i zamontowano nowe organy oraz wykończono chór łącznie z balustradą.
W roku 2008 pomalowano kościół, zamontowano 5 nowych żyrandoli, założono marmurowe schody przed wejściami do świątyni oraz do plebanii. Rozpoczęto budowę ogrodzenia od strony ul. 3 Maja.
Równocześnie z budową kościoła i plebanii pobudowano stojącą obok dzwonnicę z trzema pięknie w tonacji brzmiącymi dzwonami, którym nadano odpowiednie imiona:
Na podkreślenie przy powstaniu nowej parafii i kościoła zasługuje jej twórca proboszcz ks. Stefan Maćczak, którego przez 23 lata dzielnie wspomagali pracujący w tutejszej parafii księża wikariusze. Również na podkreślenie zasługuje ofiarność i pracowitość wielu parafian, na czele z przewodniczącym Rady Parafialnej mgr Stanisławem Kasprowiczem. Przy budowie świątyni znacząca była też pomoc lipnowskich zakładów i władz samorządowych.